為提升校務經營成效，早在本校成立校務研究辦公室之前，各行政及學術單位便已進行校務研究相關業務多年。因應高教環境與資訊技術的變遷，本校持續進行組織調整與制度修訂，建立許多電子化行政與教學措施，例如學生學習歷程檔 （ePortfolio）、教師教學歷程檔（tPortfolio）、CEIBA 以及 NTU COOL課程平臺等，持續以學生學習成效為導向，採更彈性的組織，俾利校務管理專業化，協助學校邁向國際一流大學。除了計資中心負責統籌計資業務之外，教務處也早於1994年成立資訊組，以便有效整合教務資料，亦於2006年成立教學發展中心，翌年成立統計教學中心，上述各單位分別負責教學、行政與服務電子化以及學習成效分析，奠定本校校務研究工作的基礎。

為統整並建置校務研究相關資料庫，以提供行政團隊全方位的決策資訊，本校於2015年7月7日行政團隊會議決議，正式成立（功能性）一級單位「校務研究辦公室」，由本校教務長兼任執行長。然校務研究議題廣泛而複雜，常涉及多個校內單位之職掌，非單一行政單位之業務範圍可涵蓋，而需要可進行跨處室統籌、溝通、合作，且能彈性因應校務決策要求組成研究團隊之一級單位。因此，復於2016年進行組織調整， 同年12月12日通過辦公室設置要點，將辦公室設於校務發展規畫委員會之下，由主任秘書兼任執行長，以利跨處室協調及進行校務發展整體規劃。

本校於2023年3月7日第 3141次行政會議討論通過辦公室設置辦法修正草案，置主任一人，由校長自本校專任教師選任聘兼之，負責綜理本辦公室業務。